Institut Ilmu Keislaman Annuqayah (INSTIKA) Guluk-Guluk merupakan perguruan tinggi Islam berbasis pesantren terbesar di Madura. Usianya matang, beserta ribuan alumni yang tersebar dibeberapa daerah dengan berbagai keahlian menuntu pihak Instika untuk terus melakukan pengembangan, terutama dalam bidang kajian keilmuan.
Telah lama, dorongan dari berbagai alumni untuk meminta Instika agar membuka Program Pascasarjana sehingga para alumni yang begitu mencintai Annuqayah, dapat kembali menikmati kajian keilmuan di lingkungan Annuqayah. Semangat dan dukungan para alumni yang begitu luar biasa, menjadi spirit dan cita-cita besar sehingga dengan berbagai upaya, pimpinan di Instika mulai membentuk tim agar Instika bisa mendapatkan ijin operasional menyelenggarakan program pascasarjana.
Maka dari itu, pada tahun 2012 Rektor Institut Ilmu Keislaman Annuqayah, Drs. KH. Abbadi Ishomuddin mulai membentuk tim penyusunan propsal pembukaan program pascasarjana. Dengan modal semangat yang menggebu, tim yang dikomandoi oleh Dr. Ach. Maimun, M.Ag tersebut melakukan konsultasi secara simultan dengan berbagai pihak mengenai proses pembelajaran untuk Program Pascasarjana, mulai dari manajerial. Proses pembelajaran, kurikulum serta apa saja yang perlu dipersiapkan untuk menyelenggarakan program pascasarjana.
Proses penyusunan proposal pun dilakukan. Sebagai Tim Teknis, Fathor Rachman yang saat ini menjabat sebagai Kaprodi PAI PPS Instika terus menyemangati anggota timnya untuk bekerja keras. Kurang dari dua bulan, proposal pengajuan tersebut telah rampung dan segera diajukan pada Direktorat Jenderal Pendidikan Tinggi Islam Kemenag RI.
Namun, tidak ada perjuangan yang mudah. Setelah proposal tersebut direivew oleh bagian kelembagaan Diktis, ternyata masih banyak yang perlu dipersiapkan. Salah satunya adalah Geneologi Keilmuan yang harus dimiliki oleh perguruan tinggi ketika akan membuka program pascasarjana. Sebab, kajian dalam perkuliahan pascasarjana bukan sekedar melahirkan orang yang ahli dalam bidang tertentu, namun harus melahirkan sosok yang bisa menemukan pembaruan terkait bidang keilmuan yang sedang dialaminya.
Ternyata, merumuskan geneologi keilmuan bukan perkara mudah. Perlu tahapan yang itu sifatnya rumit, karena pada akhirnya, geneologi tersebut akan menjadi embrio pengembangan keilmuan dalam perkembangan selanjutnya. Sementara itu pihak Diktis begitu menekankan agar Instika sebagai kampus pesantren terbesar di madura memiliki karakter dan ciri khas yang tidak dimiliki oleh perguruan tinggi lain, bukan hanya di madura melainkan juga di Indonesia.
Tantangan tersebut dirasa begitu berat. Namun tidak ada kata menyerah sebelum hasil yang diinginkan tercapai. Justru permintaan agar Instika bisa merumuskan geneologi tersebut menjadi penyemangat untuk terus berjuang lebih giat. Dengan penuh semangat, maka pimpinan Instika kemudian merumuskan “Baitul Hikmah” sebagai rumusan Geneologi keilmuan yang akan dikembangkan di Instika dengan meletakkan “Peran dan Kajian Pesantren” sebagai salah satu kajian utamanya.
Pada akhirnya, setelah beberapa kali Geneologi Keilmuan tersebut di presentasikan di Direktorat jenderal Pendidikan Tinggi Kemenag RI. Pengajuan Pembukaan prodi yang telah berlangsung hampir satu tahun tersebut mulai menemukan titik terang. Program Pascasarjana Prodi Pendidikan Agama Islam yang saat itu diajukan, kemudian diijinkan untuk diselenggarakan dengan mempertegas proses pembelajarannya pada bidang Pendidikan Pesantren.
Tidak lama kemudian terbitlah SK Dirjen Diktis RI No. 747 tahun 2013 tentang pembukan Program Pascasarjana Prodi PAI Konsentrasi Pendidikan Pesantren. Maka sejak tahun 2013 tersebut, Instika secara resmi memiliki Program Pascasrjana, dan kesuksesan ini menempatkan posisi Instika sebagai Perguruan Tinggi keagamaan Islam Swasta yang pertama kali membuka Program Pascasarjana di madura. Dalam perkembangannya, Program Pasca Instika kemudian mendapatkan status “terakreditasi” pada tahun 2015 dengan SK. Akreditasi Prodi No. 843/SK/BAN-PT/Akred/M/VIII/2015. Pada proses assesmen lapangan, pada assesor menyampaikan bahwa Program Pascasarjana Instika memiliki potensi yang besar untuk menjadi Kiblat Kajian Keilmuan tentang Pendidikan Kepesantrenan. Dengan turunya SK Akreditasi ini, maka genaplah legalitas penyelenggaraan Program Pascasrjana di Instika.